En el uso médico se utiliza una mezcla de oxígeno y ozono denominada Ozono Médico en el que el ozono (O3) se encuentra presente en concentraciones (1 a 80 µg/mililitro de oxígeno) 30 veces inferiores con respecto al uso industrial.

Las concentraciones superiores a 2 µg/l. son tóxicas por vía inhalatoria. La ausencia de efectividad sistémica de las concentraciones menores de esta cifra y el alto riesgo de complicaciones llevó a la prohibición de la vía inhalatoria. Por este motivo, el Ozono Médico no es considerado como un Gas Medicinal.

Las superiores a 100 µg/ml. son tóxicas por vía parenteral, aumentando las posibles complicaciones según se sube la concentración. Los diferentes tejidos tienen un nivel máximo de toxicidad que depende de las propiedades antioxidantes de los mismos.

A las concentraciones utilizadas se ha demostrado ausencia de efectos teratógenos y cancerígenos en animales de experimentación y voluntarios humanos sanos y enfermos. Tampoco los estudios clínicos han referido complicaciones de importancia, salvo casos aislados de mala praxis médica, de ahí la importancia de una buena formación en ozonoterapia.